Se lleva a cabo a través de un proceso de coordinación interinstitucional entre diferentes secretarías del gobierno federal, específicamente con las secretarías de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y alimentación (SAGARPA); de Desarrollo Social (SEDESOL); de Comunicaciones y Transportes (SCT); De Turismo (SECTUR); de Reforma Agraria (SRA); de Educación Pública (SEP); de Economía (SE); de Marina (SEMAR); y de Salud (SSA), así como órganos desconcentrados como el Instituto Nacional de las Mujeres (INMUJERES); la Comisión Nacional Forestal (CONAFOR); y la  Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (CDI).

Promueve la celebración de acuerdos con la finalidad de establecer las bases de colaboración con las dependencias que permitan  fomentar el desarrollo sustentable en las Áreas Naturales Protegidas y otras Regiones Prioritarias para la Conservación a través de alinear y articular sus programas de trabajo, para hacer más eficientes los recursos disponibles y potenciar el desarrollo de estas regiones, y con ello, elevar el nivel de vida de sus habitantes.

Así mismo integra la información de los diferentes programas de inversión de las dependencias que estén ejecutando proyectos y acciones en las Áreas Naturales Protegidas y otras Regiones Prioritarias para la Conservación y promueve la reorientación de los recursos económicos hacia éstas.