El Presupuesto de Egresos de la Federación 2012 tiene registrados para la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) ocho programas presupuestales de los cuales dos se operan a través de Reglas de Operación y seis de ellos a través de Lineamientos Internos (marcados con letra color verde). A continuación se enlistan los ocho programas presupuestarios:

1. S046 Programa de Conservación para el Desarrollo Sostenible (PROCODES)
2. S071 Programa de Empleo Temporal (PET)
3. U009 Programa de Acción para la Conservación de la Vaquita Marina
4. U024 Programa de Vigilancia Comunitaria en Áreas Naturales Protegidas y Zonas de Influencia
5. U025 Programa de Recuperación y Repoblación de Especies en Peligro de Extinción
6. U029 Programa de Conservación del Maíz Criollo
7. U034 Programa de Monitoreo Biológico en Áreas Naturales Protegidas (PROMOBI)
8. U035 Programas de Manejo de Áreas Naturales Protegidas (PROMANP)

Todos los programas están alineados al Plan Nacional de Desarrollo 2007-2012, al Programa Sectorial de Medio Ambiente y Recursos Naturales2007-2012 y al Programa Nacional de Áreas Naturales Protegidas 2007-2012, y tienen como objetivo principal el “Conservar los ecosistemas y la biodiversidad del país”. Cada uno de los programas cuenta con Matriz de Indicadores de Resultado (MIR), las cuales están constituidas por cuatro niveles o jerarquías de objetivos: de Fin (impacto), de Propósito (resultados), de Componente (productos y servicios) y de Actividades, así como indicadores de desempeño en cada uno de los niveles.

Adicionalmente la CONANP participa en la ejecución del Programa de Empleo Temporal (PET) que coordina la SEMARNAT.

Para cada uno de los programas presupuestarios categoría U de la CONANP que se ejecutaran con recursos de subsidios, se elaboraron Lineamientos Internos para su operación mediante convocatorias públicas. Cada uno de estos lineamientos internos señalan los plazos y actividades que deben seguir los interesados para poder acceder a dichos recursos. A continuación se indica el nombre de cada uno de los lineamientos internos que serán ejecutados durante el presente año fiscal:

a) Lineamientos Internos para el otorgamiento de apoyos para la ejecución del Programa de Monitoreo Biológico en Áreas Naturales Protegidas (PROMOBI).

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b) Lineamientos Internos para el otorgamiento de apoyos para la Ejecución del Programa para la integración o modificación de los Programas de Manejo de las Áreas Naturales Protegidas competencia de la Federación (PROMAANP).

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c) Lineamientos Internos para el otorgamiento de apoyos del Programa de Vigilancia Comunitaria en Áreas Naturales Protegidas y Zonas de Influencia.